Ulusal Sağlık Enstitüleri tarafından finanse edilen bir araştırma ekibi, ticari olarak temin edilebilen hızlı antijen testlerinin geçmiş ve şimdiki endişe verici varyantları tespit edebildiğini ve gelecekte test performansını etkileyebilecek potansiyel mutasyonları tanımladığını gösterdi. SARS-CoV-2 virüsünün yeni varyantları ortaya çıkmaya devam ettikçe, hızlı antijen testlerinin performansı hakkında endişeler dile getirildi.
NIH'nin Hızlı Teşhis Hızlandırma (RADx®) Tech programı tarafından finanse edilen ekip, SARS-CoV-2 mutasyonlarının hızlı antijen testlerinde kullanılan antikorlar tarafından tanınmayı nasıl etkileyebileceğini değerlendirmek için bir yöntem geliştirdi. Çoğu hızlı antijen testi, SARS-CoV-2 nükleokapsid proteinini veya N proteinini tespit ettiğinden, ekip, N proteinindeki mutasyonların, teşhis antikorlarının hedeflerini tanıma yeteneğini nasıl etkilediğini doğrudan ölçtü.
Doktora Direktörü Bruce J. Tromberg, “Hızlı antijen testleri önemli bir COVID-19 aracı olmaya devam ediyor ve bu testlerin SARS-CoV-2 virüsünü gelişmeye devam ederken tespit edebilmesini sağlamak çok önemli. Yeni varyantların sonsuz döngüsü göz önüne alındığında, bu çalışmadan elde edilen veriler gelecek yıllar için faydalı olacaktır.” dedi.
Cell'de yayınlanan çalışmada, N proteinindeki herhangi bir tek amino asit ikamesinin tanısal antikor bağlanmasını nasıl etkileyebileceğini aynı anda değerlendirmek için derin mutasyonel tarama adı verilen bir yöntem kullanıldı. Araştırmacılar, olası tüm mutasyonların %99,5'inden fazlasını temsil eden yaklaşık 8.000 tek amino asit ikamesi içeren kapsamlı bir N protein varyasyonu kütüphanesi oluşturdular ve bunların ticari olarak mevcut 11 hızlı antijen testinde kullanılan 17 farklı tanı antikoru ile etkileşimlerini değerlendirdiler. Hızlı antijen testleri, SARS-CoV-2 virüsünün tespiti için genellikle iki farklı tanı antikoru kullanır.
Değerlendirilen her bir tanı antikoru için araştırmacılar, N proteinindeki hangi mutasyonların antikor tanımayı etkilediğini belgelediler. Bu bilgiden, her antikor için, antikorun hedefine bağlanma yeteneği üzerinde etkisi olan N proteinine özgü mutasyonları listeleyen bir 'kaçış mutasyon profili' oluşturdular. Birkaç tanı antikoru N proteininin aynı bölgesini tanırken, araştırmacılar her antikorun benzersiz bir kaçış mutasyon profiline sahip olduğunu buldular. SARS-CoV-2 virüsü mutasyonlar geliştirmeye devam ederken, bu veriler, teşhis performansının yeniden değerlendirilmesi gerekebilecek spesifik antikorları işaretlemek için kullanılabilir.
Çalışmanın ilk yazarı Dr. Filipp Frank, “Bulgularımıza dayanarak, endişe verici geçmiş ve şimdiki büyük SARS-CoV-2 varyantlarının hiçbiri, mevcut hızlı antijen testlerinde kullanılan antikorlar tarafından tanınmayı etkileyecek N protein mutasyonları içermiyor. Ayrıca, bu veriler, maksimum potansiyel N protein varyasyonu miktarını belirlemek için hangi tanı antikorlarının eşleştirilmesi gerektiğini belirleyerek test tasarımını bilgilendirebilir.” dedi.
NIH'nin Hızlı Teşhis Hızlandırma (RADx®) Tech programı tarafından finanse edilen ekip, SARS-CoV-2 mutasyonlarının hızlı antijen testlerinde kullanılan antikorlar tarafından tanınmayı nasıl etkileyebileceğini değerlendirmek için bir yöntem geliştirdi. Çoğu hızlı antijen testi, SARS-CoV-2 nükleokapsid proteinini veya N proteinini tespit ettiğinden, ekip, N proteinindeki mutasyonların, teşhis antikorlarının hedeflerini tanıma yeteneğini nasıl etkilediğini doğrudan ölçtü.
Doktora Direktörü Bruce J. Tromberg, “Hızlı antijen testleri önemli bir COVID-19 aracı olmaya devam ediyor ve bu testlerin SARS-CoV-2 virüsünü gelişmeye devam ederken tespit edebilmesini sağlamak çok önemli. Yeni varyantların sonsuz döngüsü göz önüne alındığında, bu çalışmadan elde edilen veriler gelecek yıllar için faydalı olacaktır.” dedi.
Cell'de yayınlanan çalışmada, N proteinindeki herhangi bir tek amino asit ikamesinin tanısal antikor bağlanmasını nasıl etkileyebileceğini aynı anda değerlendirmek için derin mutasyonel tarama adı verilen bir yöntem kullanıldı. Araştırmacılar, olası tüm mutasyonların %99,5'inden fazlasını temsil eden yaklaşık 8.000 tek amino asit ikamesi içeren kapsamlı bir N protein varyasyonu kütüphanesi oluşturdular ve bunların ticari olarak mevcut 11 hızlı antijen testinde kullanılan 17 farklı tanı antikoru ile etkileşimlerini değerlendirdiler. Hızlı antijen testleri, SARS-CoV-2 virüsünün tespiti için genellikle iki farklı tanı antikoru kullanır.
Değerlendirilen her bir tanı antikoru için araştırmacılar, N proteinindeki hangi mutasyonların antikor tanımayı etkilediğini belgelediler. Bu bilgiden, her antikor için, antikorun hedefine bağlanma yeteneği üzerinde etkisi olan N proteinine özgü mutasyonları listeleyen bir 'kaçış mutasyon profili' oluşturdular. Birkaç tanı antikoru N proteininin aynı bölgesini tanırken, araştırmacılar her antikorun benzersiz bir kaçış mutasyon profiline sahip olduğunu buldular. SARS-CoV-2 virüsü mutasyonlar geliştirmeye devam ederken, bu veriler, teşhis performansının yeniden değerlendirilmesi gerekebilecek spesifik antikorları işaretlemek için kullanılabilir.
Çalışmanın ilk yazarı Dr. Filipp Frank, “Bulgularımıza dayanarak, endişe verici geçmiş ve şimdiki büyük SARS-CoV-2 varyantlarının hiçbiri, mevcut hızlı antijen testlerinde kullanılan antikorlar tarafından tanınmayı etkileyecek N protein mutasyonları içermiyor. Ayrıca, bu veriler, maksimum potansiyel N protein varyasyonu miktarını belirlemek için hangi tanı antikorlarının eşleştirilmesi gerektiğini belirleyerek test tasarımını bilgilendirebilir.” dedi.
Kaynak
Bu rehber yardımcı oldu mu?
DoktorClub’da Keşfet
