Bilim insanları, insan bağırsağında ve ağzında saklanan, daha önce hiç görülmemiş bir virüs benzeri varlık sınıfını ortaya çıkardılar ve bu "viroidler", insan mikrobiyomu içindeki gen aktivitesini etkileyebilir. Araştırmacılar bu viroidler için bir konakçının, yani ağızda bulunan yaygın bir bakteri olan Streptococcus sanguinis'in varlığını doğruladılar. Henüz ek konakçıları doğrulamadılar, ancak en azından bir kısmının bakteri olduğundan şüpheleniyorlar.
Viroidler, DNA'nın genetik kuzeni olan küçük RNA döngüleridir ve öncelikle patates gibi bitkileri enfekte ettikleri bulunmuştur. Viroidler daha büyük, RNA bazlı virüslerden çeşitli yönlerden farklılık gösterir. Birincisi, çıplaklar ve virüslerin genetik materyallerini tutmak için kullandıkları koruyucu kabuklardan yoksunlar. İkincisi, RNA'ları protein oluşturmaya yönelik talimatlar içermiyor; virüsler dış kabukları ve çoğalmaları gereken belirli enzimler için talimatlar taşırken, viroidler bu enzimleri konakçılarından alır.
Her ne kadar viroidlerin bir zamanlar yalnızca bitkileri enfekte ettiği düşünülse de, son araştırmalar bunların hayvanlar, mantarlar veya bakteriler gibi başka konakçıları da enfekte edebileceğini öne sürüyor. Yeni çalışmada araştırmacılar, insan vücudunda yaşayan mikropların genleri arasında olası viroidleri araştırdı.
Ekip, 21 Ocak'ta bioRxiv ön baskı veritabanında yayınlanan bir raporda, insan bağırsağında ve ağzında keşfettikleri yeni adlandırılmış bir viroid sınıfı olan Obelisks’i tanıttı. Toplamda yaklaşık 29.960 viroid örneği tespit ettiler. (Çalışma henüz hakem değerlendirmesinden geçmedi veya bilimsel bir dergide yayınlanmadı.) Onlara Obelisks adını verdiler çünkü viroidlerin ikincil yapısının (kendi üzerine katlanarak aldıkları 3 boyutlu bir şekil) ince bir çubuğa benzeyeceği tahmin ediliyor. Daha önce yayınlanmış verileri kullanan araştırmacılar, vücuttaki farklı mikrobiyal topluluklardaki gen aktivitelerini taradılar. Bu gen aktivitesi özetleri "metatranskriptomlar" olarak biliniyor.
İnsan dışkısındaki metatranskriptomların kabaca %7'sinde Obeliskslerin bulunduğunu fark ettiler. Bu dışkı örnekleri bağırsak mikrobiyomunda gen aktivitesinin anlık görüntüsünü veriyor. Ekip ayrıca yeni adlandırılan viroidleri, taradıkları ağız metatranskriptomlarının 32'sinden 17'sinde, yani yaklaşık %53'ünde de buldu.
Daha sonraki analizlerde ekip, bir Obelisks ile ev sahibi S. sanguinis'i eşleştirmeyi başardı. Ön baskıda şöyle yazdılar: “Diğer Obeliskslerin 'konakçılarını' bilmesek de, bakterilerde en azından bir kısmının mevcut olabileceğini varsaymak mantıklıdır.” İlginçtir ki, yeni keşfedilen Obeliskslerden bazıları, replikasyonda gerekli olan enzimler için talimatlar içeriyor gibi görünüyordu; bu da onları daha önce açıklanan viroidlerden daha karmaşık hale getiriyordu. Ancak çoğu viroid gibi koruyucu bir dış kabuk için talimatlar hala eksikti.
Viroidler, DNA'nın genetik kuzeni olan küçük RNA döngüleridir ve öncelikle patates gibi bitkileri enfekte ettikleri bulunmuştur. Viroidler daha büyük, RNA bazlı virüslerden çeşitli yönlerden farklılık gösterir. Birincisi, çıplaklar ve virüslerin genetik materyallerini tutmak için kullandıkları koruyucu kabuklardan yoksunlar. İkincisi, RNA'ları protein oluşturmaya yönelik talimatlar içermiyor; virüsler dış kabukları ve çoğalmaları gereken belirli enzimler için talimatlar taşırken, viroidler bu enzimleri konakçılarından alır.
Her ne kadar viroidlerin bir zamanlar yalnızca bitkileri enfekte ettiği düşünülse de, son araştırmalar bunların hayvanlar, mantarlar veya bakteriler gibi başka konakçıları da enfekte edebileceğini öne sürüyor. Yeni çalışmada araştırmacılar, insan vücudunda yaşayan mikropların genleri arasında olası viroidleri araştırdı.
Ekip, 21 Ocak'ta bioRxiv ön baskı veritabanında yayınlanan bir raporda, insan bağırsağında ve ağzında keşfettikleri yeni adlandırılmış bir viroid sınıfı olan Obelisks’i tanıttı. Toplamda yaklaşık 29.960 viroid örneği tespit ettiler. (Çalışma henüz hakem değerlendirmesinden geçmedi veya bilimsel bir dergide yayınlanmadı.) Onlara Obelisks adını verdiler çünkü viroidlerin ikincil yapısının (kendi üzerine katlanarak aldıkları 3 boyutlu bir şekil) ince bir çubuğa benzeyeceği tahmin ediliyor. Daha önce yayınlanmış verileri kullanan araştırmacılar, vücuttaki farklı mikrobiyal topluluklardaki gen aktivitelerini taradılar. Bu gen aktivitesi özetleri "metatranskriptomlar" olarak biliniyor.
İnsan dışkısındaki metatranskriptomların kabaca %7'sinde Obeliskslerin bulunduğunu fark ettiler. Bu dışkı örnekleri bağırsak mikrobiyomunda gen aktivitesinin anlık görüntüsünü veriyor. Ekip ayrıca yeni adlandırılan viroidleri, taradıkları ağız metatranskriptomlarının 32'sinden 17'sinde, yani yaklaşık %53'ünde de buldu.
Daha sonraki analizlerde ekip, bir Obelisks ile ev sahibi S. sanguinis'i eşleştirmeyi başardı. Ön baskıda şöyle yazdılar: “Diğer Obeliskslerin 'konakçılarını' bilmesek de, bakterilerde en azından bir kısmının mevcut olabileceğini varsaymak mantıklıdır.” İlginçtir ki, yeni keşfedilen Obeliskslerden bazıları, replikasyonda gerekli olan enzimler için talimatlar içeriyor gibi görünüyordu; bu da onları daha önce açıklanan viroidlerden daha karmaşık hale getiriyordu. Ancak çoğu viroid gibi koruyucu bir dış kabuk için talimatlar hala eksikti.
Kaynak
Bu rehber yardımcı oldu mu?
DoktorClub’da Keşfet
