ABD'li araştırmacılar, enfeksiyonu ve hastalığın spesifik varyantını tanımlayan son teknoloji bir COVID-19 PCR testi geliştirdiler. ResearchPath LLC'deki araştırmacılar ve Rutgers Üniversitesi'ndeki işbirlikçiler tarafından oluşturulan yeni COVID-19 PCR testi, yalnızca COVID-19 enfeksiyonunu teşhis etmekle kalmayıp aynı zamanda virüsün spesifik varyantını da belirleyebilen moleküler işaretler kullanıyor. Bu çığır açan yenilik, sağlık uzmanlarının, varyantlarına bağlı olarak bir hasta için en etkili tedavi yöntemini hızla belirlemesini sağlayıp hayat kurtarmaya yardımcı olabilir.
Ekibin araştırması The Journal of Molecular Diagnostics'te yayınlandı.
SARS-CoV-2 Varyantlarından Neler Öğrenebiliriz?
Bir bireyin hangi spesifik varyanta sahip olduğunu belirlemek, kuluçka döneminin uzunluğu, bulaşıcı dönemin süresi, bulaşıcılık, patojenite ve hatta baskın semptomlardaki değişiklikler dahil olmak üzere bir dizi hayati bilgiyi ortaya çıkarabilir.
COVID-19'un farklı suşlarına ilişkin bilgiler ağırlıklı olarak uluslararası topluluk veya genetik dizileme yürüten büyük popülasyonlara sahip birkaç eyalet tarafından bildirilmekte. Bununla birlikte, derin dizilemenin bir numunedeki belirli mutasyonları doğru bir şekilde tanımlayabilmesi, çok maliyetli ve zaman alıcı oluyor, ayrıca özel ekipman gerektiriyor.
Yardımcı araştırmacı Ashley Hill, MD, ResourcePath LLC şunları söyledi: “Yerel bir toplulukta son derece bulaşıcı ve tehlikeli bir türün ortaya çıktığını bilmek, politikacıları yayılmayı sınırlamak için güvenlik önlemleri başlatma konusunda bilgilendirebilir. Ayrıca, acil servis ziyaretlerinde ve yoğun bakım ünitesinde meydana gelen artışları planlaması gereken sağlık sistemleri için bir erken uyarı sistemi olarak da hizmet edebilir. Hangi suşun bir kişiye bulaştığını bilmek, hangi tedavilerin en faydalı olacağını belirlemeye de yardımcı olabilir.”
Yeni Bir COVID-19 PCR Testi Tasarlama
Rutgers-RP RT-PCR testi olarak adlandırılan yeni COVID-19 PCR testini oluşturmak için araştırmacılar, Rutgers Üniversitesi tarafından öncülük edilen ve dünya çapında bir dizi amaç için halihazırda uygulanmış gerçek zamanlı PCR problarını kullandılar. Test, bağışıklığı düşürdüğü, nötralizasyonu önlediği ve bulaşıcılığı arttırdığı gösterilen SARS-CoV-2'nin belirli genetik mutasyonlarını tanımlamak için moleküler işaretler kullanıyor. Moleküler işaretçiler, genellikle tek bir nükleotid ile farklılık gösteren vahşi tip dizilerden kaçınarak, spesifik bir mutant diziye bağlanmak üzere tasarlanmış firkete şeklindeki moleküllerdir.
Ekip, test için dokuz mutasyon ve her birine farklı renk seçti. Alfa, beta, gama, delta ve Omicron gibi tüm orijinal endişe verici varyantlar (VOC), bu mutasyonların benzersiz bir kombinasyonuna sahip ve işaret, hedef molekülüne bağlandığında, tahlil tarafından farklı bir renk tespit ediliyor. Her işaret, kendisine atanan mutasyona özgüllüğünü doğrulamak için ayrı ayrı incelendi. Tüm işaretler daha sonra bir multipleks tahlilde birleştirildi ve daha önce derin sıralama ile değerlendirilmiş olan pozitif hasta numuneleri üzerinde yeni COVID-19 PCR testi ile test edildi. İki örnek Alpha varyantı, ikisi Epsilon varyantı ve sekizi Delta varyantı olarak tanımlandı. Yeni COVID-19 PCR testi, %100 duyarlılık ve özgüllük elde ederek, derin dizilemenin sonuçlarıyla tamamen ilişkili bulundu.
Ekip, testin son derece uyarlanabilir olduğunu da kaydetti. Omicron varyantının ortaya çıkması sırasında, bir aydan kısa bir sürede, bağışıklıktan kaçınma konusunda hayati önem taşıyan Omicron'a özgü bir mutasyonu tanımlayan bir işaret tasarlamayı başardılar. Araştırmacılar, daha önce test edilmiş 33 ek hasta örneğinden 17'sinde Omicron varyantını tanımlayarak %100 doğruluk elde etti.
Ekibin araştırması The Journal of Molecular Diagnostics'te yayınlandı.
SARS-CoV-2 Varyantlarından Neler Öğrenebiliriz?
Bir bireyin hangi spesifik varyanta sahip olduğunu belirlemek, kuluçka döneminin uzunluğu, bulaşıcı dönemin süresi, bulaşıcılık, patojenite ve hatta baskın semptomlardaki değişiklikler dahil olmak üzere bir dizi hayati bilgiyi ortaya çıkarabilir.
COVID-19'un farklı suşlarına ilişkin bilgiler ağırlıklı olarak uluslararası topluluk veya genetik dizileme yürüten büyük popülasyonlara sahip birkaç eyalet tarafından bildirilmekte. Bununla birlikte, derin dizilemenin bir numunedeki belirli mutasyonları doğru bir şekilde tanımlayabilmesi, çok maliyetli ve zaman alıcı oluyor, ayrıca özel ekipman gerektiriyor.
Yardımcı araştırmacı Ashley Hill, MD, ResourcePath LLC şunları söyledi: “Yerel bir toplulukta son derece bulaşıcı ve tehlikeli bir türün ortaya çıktığını bilmek, politikacıları yayılmayı sınırlamak için güvenlik önlemleri başlatma konusunda bilgilendirebilir. Ayrıca, acil servis ziyaretlerinde ve yoğun bakım ünitesinde meydana gelen artışları planlaması gereken sağlık sistemleri için bir erken uyarı sistemi olarak da hizmet edebilir. Hangi suşun bir kişiye bulaştığını bilmek, hangi tedavilerin en faydalı olacağını belirlemeye de yardımcı olabilir.”
Yeni Bir COVID-19 PCR Testi Tasarlama
Rutgers-RP RT-PCR testi olarak adlandırılan yeni COVID-19 PCR testini oluşturmak için araştırmacılar, Rutgers Üniversitesi tarafından öncülük edilen ve dünya çapında bir dizi amaç için halihazırda uygulanmış gerçek zamanlı PCR problarını kullandılar. Test, bağışıklığı düşürdüğü, nötralizasyonu önlediği ve bulaşıcılığı arttırdığı gösterilen SARS-CoV-2'nin belirli genetik mutasyonlarını tanımlamak için moleküler işaretler kullanıyor. Moleküler işaretçiler, genellikle tek bir nükleotid ile farklılık gösteren vahşi tip dizilerden kaçınarak, spesifik bir mutant diziye bağlanmak üzere tasarlanmış firkete şeklindeki moleküllerdir.
Ekip, test için dokuz mutasyon ve her birine farklı renk seçti. Alfa, beta, gama, delta ve Omicron gibi tüm orijinal endişe verici varyantlar (VOC), bu mutasyonların benzersiz bir kombinasyonuna sahip ve işaret, hedef molekülüne bağlandığında, tahlil tarafından farklı bir renk tespit ediliyor. Her işaret, kendisine atanan mutasyona özgüllüğünü doğrulamak için ayrı ayrı incelendi. Tüm işaretler daha sonra bir multipleks tahlilde birleştirildi ve daha önce derin sıralama ile değerlendirilmiş olan pozitif hasta numuneleri üzerinde yeni COVID-19 PCR testi ile test edildi. İki örnek Alpha varyantı, ikisi Epsilon varyantı ve sekizi Delta varyantı olarak tanımlandı. Yeni COVID-19 PCR testi, %100 duyarlılık ve özgüllük elde ederek, derin dizilemenin sonuçlarıyla tamamen ilişkili bulundu.
Ekip, testin son derece uyarlanabilir olduğunu da kaydetti. Omicron varyantının ortaya çıkması sırasında, bir aydan kısa bir sürede, bağışıklıktan kaçınma konusunda hayati önem taşıyan Omicron'a özgü bir mutasyonu tanımlayan bir işaret tasarlamayı başardılar. Araştırmacılar, daha önce test edilmiş 33 ek hasta örneğinden 17'sinde Omicron varyantını tanımlayarak %100 doğruluk elde etti.
Kaynak
Bu rehber yardımcı oldu mu?
DoktorClub’da Keşfet
