Makine Öğrenmesiyle Tanımlanan Kolorektal Kanser İçin Mikrobiyal İmza

Almanya’daki Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı (EMBL), İtalya'daki Trento Üniversitesi ve diğer uluslararası işbirlikçi araştırmacılar, dünyadaki en yaygın üçüncü kanser türü olan kolorektal kanserle ilişkili bağırsak bakterileri alt grubunu tanımlamak için makine öğrenmesi algoritmasından yararlandı. Yedi ülke ve üç kıtada yürütülen, bağırsak bakterileri ve kolorektal kanserin sekiz meta analizinin yapıldığı çalışmada, kolorektal kansere bağlı mikrobiyom değişikliklerinin çevre veya beslenmedeki farklılıklara dirençli olduğunu buldular.

Ekip, metagenomlardaki bakteri türlerini doğru bir şekilde tanımlayıp sayabilen mOTUs2 adlı bir araç kullandı. Nature Medicine ’de yayınlanan çalışmanın yazarı Georg Zeller, “Metodumuzun en güçlü özelliği, genomik bir referansa sahip olmayan bakterileri dahi ölçmemizi sağlıyor oluşu. Bu türler henüz izole edilmemiş ve ekilmemiş durumdadır; ayrıca birçoğu laboratuvar ortamında kolayca yetiştirilemez. Ancak, mOTUs2 ile onları yine de yakalayabiliyor ve mikrobiyomun eksiksiz bir resmini ortaya çıkarabiliyoruz.” diye açıklıyor.

mOTUs2, proteinleri ve müsinleri parçalama yetenekleri benzeşen 29 bakteri tanımladı. Bu da, kansere bağlı bağırsak mikropları ile et ve yağ bakımından zengin beslenme arasında potansiyel bir bağlantı olduğunu öne sürüyor. Analiz, gelecekte kolorektal kanser için invazif olmayan bir teşhis işlevi görebilecek genelleştirilebilir ve öngörücü bir mikrobiyom imzası oluşturma özelliğiyle öne çıkıyor.