Bilinen Tüm Bakteriyel Enfeksiyonlar İçin Ortak Test Geliştirdiler

Kolombiya Üniversitesi’nden bilim insanları bilinen tüm patojenik bakterileri ve antibiyotik direncine yönelik belirteçleri aynı anda tanımlayabilecek test geliştirdiler.

MBio dergisinde yayımlanan çalışmada geliştirilen BacCapSeq platformunun performansı hakkında ayrıntılı bilgi veriliyor. Amerika’da her yıl yüzde 25’inden fazlası ölümle sonuçlanan 1,5 Milyonun üzerinde bakteriyel kaynaklı sepsis vakası yaşanıyor. Araştırmacılar,  BacCapSeq platformunun ölümcül bakteriyel enfeksiyonların tanısını hızlandıracağını ve sonunda sepsisten muzdarip pek çok insanın hayatını kurtaracağını düşünüyor. 

Kolombiya Üniversitesi Enfeksiyon ve Bağışıklık Merkezi’nde (CII) genetikçi olan araştırmanın baş yazarı Orchid M. Allicock : “BacCapSeq klinik olarak onaylandığı takdirde, sepsise neden olanlar da dâhil olmak üzere, bilinen bütün patojenik bakterileri hızlı ve hassas bir şekilde tanılama imkânı sunacaktır. Bu platform, tek seferde bir bakteriyi tarayabilen geleneksel teste göre 1.000 kat daha duyarlı”diyor.  Günümüzde bakterileri tanılamak için kültür ortamında üretmek gerekiyor. Bu üretim süreci iki günden başlayıp haftayı geçen sürelere uzanıyor. Bu uzun tanı sürecinden dolayı tedavide gecikme ve hasta kaybı yaşanıyor.

BacCapSeq, sonuçları 70 saatte çıkartabiliyormuş; bu ilk bakışta hızlı olmayan bir zaman aralığı. Fakat araştırmacılar bu sürenin, gelişen hesaplama yöntemleri ile birlikte daha da kısalacağını düşünüyorlar. BacCapSeq, 2015 yılında geliştirilen ve bütün viral enfeksiyonlarda kullanılan, VirCapSeq-VERT isimli sisteme benzerlik gösteriyor. VirCapSeq-VERT, 207 tane viral toksini tanır. BacCapSeq, 307 patojenik bakterinin imza DNA'sını, antibiyotik direnci ve virülans biyobelirteçlerini tespit etmek için kullanılan 4.2 milyon genetik prob içerir.Günümüzde kullanılan tanı aracının (multipleks polimeraz zincir reaksiyon [PCR] sistemleri) sadece 19 patojen bakteriyi tanıyabildiği düşünüldüğünde(Üstelik virülans ve antibiyotik direncini dahi ölçemiyor) yeni geliştirilen tanı aracının ne denli önemli olduğu ortaya çıkıyor.

Araştırmacılar bu tanı aracını test etmek için Koli Basili, Neisseria Meningitidis ve Salmonella enterica’nın da yer aldığı birçok bakteri çeşidini barındıran kan örneklerini incelemiş ve çıkan sonuçların klasik testlerin ötesinde çok iyi olduğunu tespit etmişler. Tüm bu avantajlarına rağmen yeni sistem, bakteri tanıma konusunda niceliksel değil de niteliksel bir özelliğe sahip olduğundan; bakteri miktarını ölçmenin önemli olduğu durumlarda Polimeraz Zincir Tepkimesi’nin (PCR) yerini alamayacak gibi duruyor. Kullanıma girmeden önce üzerinde uzun süreli araştırma yapılacağı aşikar. Aynı araştırma ekibi virüs ve bakterilerden sonra şimdi de mantarlar üzerinde araştırmaya başlıyorlar.

Kaynak: https://phys.org/news/2018-10-breakthrough-screens-bacterial-infections.html