RNA-DNA Etkileşimlerini Tanımlayan Yeni Araç

Bilim adamları RNA ve DNA molekülleri arasındaki etkileşimleri tanımlayabilen yeni bir araç geliştirdi.

MARGI ( Mapping RNA Genome Interactions) adı verilen bu araç, bir DNA parçası ile etkileşen tüm RNA moleküllerinin, etkileşim konumları ile birlikte eksiksiz hesabını tutabilen ilk teknoloji olma özelliği taşıyor. Genomun işlevlerini daha iyi anlamak için DNA ile etkileşen tüm RNA moleküllerinin ve etkileştikleri dizilimlerin eksiksiz bir kataloğuna sahip olmak kullanışlı olabilir. 

Eski yöntemler, her seferinde sadece bir RNA molekülünü çözümleme kapasitesine sahipti. Bu durumda yüzlerce RNA molekülünün işe karıştığı tüm bir RNA-DNA etkileşimleri kümesini çözümlemeyi olanaksız kılıyordu. MARGI tekniği, RNA ile küçük parçalara bölünmüş DNA’dan oluşan bir karışımla başlıyor. Bu karışımda, RNA moleküllerinin bir alt kümesi belirli DNA parçaları ile etkileşiyor. Özel olarak tasarlanmış bir bağlantılandırıcı, etkileşen RNA-DNA çiftlerini bağlamak için sonradan ekleniyor. Bağlanan RNA-DNA çiftleri seçilerek ayıklanıyor ve sonra yüksek girdi-çıktılı dizileme kullanılarak bir seferde okunmak üzere chimeric dizilimlere dönüştürülüyorlar.

Kaynak: Current Biology